Un grand pouvoir a parfois de dramatiques conséquences. Après de terribles révélations concernant la pierre philosophale, Edward et Alphonse sont plus déterminés que jamais à percer le secret du laboratoire numéro 5. Ils y trouvent deux adversaires de taille qui, tout comme Alphonse, sont des armures auxquelles on a affixé une âme. Affaiblis tant physiquement que moralement, nos deux frères vont devoir affronter un danger encore plus grand qui remettra insidieusement en cause la confiance qu'ils ont l'un envers l'autre?